Carona wird erstmals 926 als Calauna erwähnt, das kleine Dorf Ciona erstmals 1213. Während des Mittelalters bildeten sich das Dorf Carona und das kleine Dorf Ciona im Bistum Como. Im kleinen Dorf Torello wurde die Kirche von Santa Maria gebaut. Nach 1349 wurde die Kirche von einer Gemeinschaft des Augustinerordens im nahe gelegenen Kloster (gebaut 1217 von Guglielmo Della Torre) unterstützt. Für die Loyalität des Dorfes zur Visconti-Familie erhielt es sein eigenes Wappen. Gemäß einem Gesetz der Alten Eidgenossenschaft genoss es einen speziellen Status (Terra separata) sowie die Befreiung von bestimmten Gesetzen und Steuern. Die mittelalterlichen Statuten wurden 1470 erneuert.

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Madonna d'Ongero wurde 1624 westlich des Dorfs im Wald gebaut. Zur gleichen Zeit entstand die Kirche von Santa Maria delle Grazie in Ciona. Die beiden Kirchen sowie die Häuser des Dorfes aus dem 17. und 18. Jahrhundert widerspiegelten den wachsenden Reichtum von Carona infolge der Auswanderung von Künstlern. Künstlerfamilien aus Carona wie die Aprile, Casellas, Scalas und Solari waren überall in Europa während des 15. bis 18. Jahrhundert tätig.

Die Landwirtschaft blieb bis zum Anfang des 19. Jahrhunderts bestimmend, als sich das nahe gelegene Lugano zu einer Touristendestination entwickelte. 1943 wurde der Hügel von S. Grato gerodet und der landwirtschaftlichen Nutzung zugeführt.