Carona a été mentionné pour la première fois en 926 comme Calauna, le petit village de Ciona pour la première fois en 1213. Au cours du Moyen Age, le village de Carona et le hameau de Ciona faisaient partie du diocèse de Côme. Dans le hameau de Torello fut édifiée l'église de Santa Maria. Après 1349 l'église fut prise en charge par une communauté de l’Ordre de Saint Augustin du monastère voisin (construit en 1217 par Guglielmo Della Torre). En témoignage à sa fidélité à la famille Visconti, le village a reçu son propre blason. Grâce à une loi de l'Ancienne Confédération, il jouissait d'un statut spécial (Terra separata) et de l'exemption de certaines lois et taxes. Les statuts médiévaux ont été renouvelés en 1470.

 

L'église de la « Madonna d'Ongero » a été construite en 1624 à l'ouest du village dans la forêt. L'église de « Santa Maria delle Grazie » fut édifiée en même temps à Ciona. Les deux églises et les maisons du village des 17e et 18e siècles reflètent la richesse croissante de Carona en raison de l'émigration des artistes. Les familles d’artistes de Carona comme les Aprile, Casella, Scala et Solari ont travaillé dans toute l'Europe du 15e et jusqu’au 18e siècle.

 

L'agriculture est restée dominante jusqu'au début du 19ème siècle, date à laquelle la région de Lugano se développe et s’affirme comme une destination touristique. En 1943, les terres de la colline de San Grato ont été autorisées à être exploitées pour un usage agricole.