Carona viene menzionata per la prima volta nel 926 come Calauna, il piccolo villaggio di Ciona per la prima volta nel 1213. Durante il Medioevo, il villaggio Carona e il piccolo villaggio Ciona si formarono nella diocesi di Como. Nel piccolo villaggio di Torello fu costruita la chiesa di Santa Maria. Dopo il 1349, la chiesa fu sostenuta da una comunità di ordine agostiniano nel vicino monastero (costruito nel 1217 da Guglielmo Della Torre). Per la lealtà del villaggio alla famiglia Visconti, ricevette il proprio stemma. Secondo una legge della Vecchia Confederazione, godeva di uno status speciale (Terra separata) e dell'esenzione da alcune leggi e tasse. Lo statuto medievale fu rinnovato nel 1470.

 

La chiesa della Madonna d'Ongero fu costruita nel 1624 a ovest del villaggio nella foresta. Allo stesso tempo, la chiesa di Santa Maria delle Grazie fu costruita a Ciona. Le due chiese, così come le case del villaggio del 17 ° e 18 ° secolo, riflettevano la crescente ricchezza di Carona a seguito dell'emigrazione di artisti. Famiglie di artisti di Carona come Aprile, Casellas, Scalas e Solari furono attive in tutta Europa tra il XV e il XVIII secolo.

L'agricoltura rimase dominante fino all'inizio del XIX secolo quando la vicina Lugano divenne una destinazione turistica. Nel 1943, la collina di S. Grato fu cancellata e utilizzata per scopi agricoli.